San Juan de Dios era muy devoto de san Rafael. Una noche faltó el agua en la fuente para el servicio y fue de madrugada a la plaza de Bib-Rambla con dos cántaros y tardó en volver por hallarse bastante lejos. Cuando regresó al hospital, halló en la cocina fregados los platos; el pan y todo preparado, las camas hechas, las salas barridas y todo en orden. Preguntó, extrañado, a los enfermos quién había hecho en su ausencia los trabajos y todos le respondieron que él mismo.

– No puede ser que sea yo, cuando he estado lejos de aquí. Insistieron en que había sido él, pues le vieron como todos los días, realizando
los servicios.

Entonces, lleno de alegría, exclamó:

– En verdad, hermanos, mucho quiere Dios a sus pobres, pues envía ángeles quelos sirvan. Y pensó que el arcángel san Rafael, tomando su figura, había
realizado los trabajos.

Una noche muy fría y lluviosa, encontró el siervo de Dios, al salir de la calle
Zacatín, un pobre aterido que pedía socorro. Juan le dijo: – Venid conmigo, hermano, a nuestro hospital y pasaréis la noche al abrigo. El pobre le dijo que estaba inválido y sin fuerzas para sostenerse en pie. Y cargándolo sobre un hombro y sobre el otro la capacha y las ollas con las viandas recogidas, empezó a caminar con prisa, llevado de las fuerzas del espíritu más que de las de su cuerpo, debilitado por ayunos y trabajos. La carga era superior a su humanas fuerzas y Juan cayó con sus limosnas y su pobre a la entrada de la calle de los Gomérez. Al tratar de colocar de nuevo sobre su hombro al pobre, un joven muy hermoso le ayudó y tomándole de la mano, en ademán de acompañarle, le dijo:

– Hermano Juan, Dios me envía para que te ayude en tu ministerio y para que sepas cuán acepto le es; sabe que todo lo que haces por Él tengo a mi cargo
escribirlo en un libro.

Juan le preguntó quién era y respondió:

– Soy el arcángel Rafael, destinado por Dios para ser tu compañero, guarda tuya y de todos tus hermanos.

Una tarde, en su hospital de Granada, a la hora de cenar, se dio cuenta san Juan de Dios que iba a faltar el pan. Rezó a Dios y, a los pocos minutos, se presentó un joven en la puerta de la enfermería. Nuestro santo reconoció a su amigo y protector san Rafael y dijo a los enfermos: “Ánimo, hermanos, que los ángeles de Dios vienen a servirlos”. El arcángel se acercó a Juan y con una gran familiaridad dijo: “Hermano mío, nosotros formamos una sola Orden, porque hay hombres que bajo un pobre vestido son iguales a los ángeles. Tomad el pan que el cielo os envía”. Y desapareció dejando a Juan y a los pobres, llenos de consolación y de alegría espiritual.
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Otro día, llegaba la hora de la comida, no tenía ni un pedazo de pan que dar a sus pobres. Sin embargo, cogió la cesta y salió muy confiado en que había de encontrar lo necesario. Al atravesar una calle, vio venir hacia él un hombre a caballo, que le ofreció mayor cantidad de pan de la que precisaba, desapareciendo en seguida. Juan de Dios, regresó bendiciendo al Señor y él y cuantos presenciaron el hecho, juzgaron que esta generosidad fue debida a un ángel aparecido en figura humana.

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Una víspera de Navidad se le informó que no quedaba combustible para la cocina. En compañía de dos hermanos, fue al bosque y comenzó a cortar leña. Aunque se esforzaban mucho, era larga la tarea y se echaba encima la noche. Entonces, se presentaron dos hombres vigorosos que, en menos de una hora, derribaron árboles y cortaron en trozos las ramas, formando haces en cantidad para varias carretas. Los dos religiosos dijeron a Juan: “Si hubiera aquí un carro, podríamos llevar leña para mucho tiempo”. El santo no contestó, pero sonreía misteriosamente. – Hijos, no tengáis pena, nosotros que la hemos cortado la llevaremos, contestaron los leñadores celestes.

Se hizo la noche muy oscura y para que no se extraviaran o rodaran por algún precipicio, dos luminosos hachones, llevados por manos invisibles, iluminaron el camino a Juan y sus discípulos. Pero su admiración llegó al colmo, cuando, al entrar en el patio del hospital, encontraron colocada toda la leña que vieron cortada en el monte.

Estando gravemente enfermo en su última enfermedad, recibió una noche la visita del arcángel san Rafael, que le animó y le reveló el día de su muerte. Estando moribundo, dijo a los que estaban a su lado: Esta noche pasada el arcángel san Rafael me ha visitado, dándome la seguridad de que el Señor me hará la misericordia de llamarme a su lado. Después que me dieron la comunión, la Santísima Virgen, san Rafael y san Juan Evangelista, me han favorecido con su presencia, prometiéndome que serían los protectores de la Obra que yo he comenzado.